Die Bestände der Paul-Klee-Stiftung stellten bereits vor ihrem Aufgehen in die Stiftung Zentrum Paul Klee die weltweit bedeutendste Sammlung an Werke von Paul Klee dar.

Werke und Originaldokumente

• 40 Gemälde.
• 163 mehrfarbige Blätter (Aquarelle etc.).
• 2'253 einfarbige Blätter (Zeichnungen).
• 10 Skizzenbücher.
• 11 Skulpturen.
• 28 Hinterglasbilder.
• 89 grafische Blätter.
• Der vollständige handschriftliche Werkkatalog von Paul Klee.
• Der Pädagogische Nachlass von Paul Klee mit über 3'000 Blättern.
• Die vier Tagebücher von Paul Klee.
• Ein Heft mit Gedichten und Vorträgen.
• Die Originalbibliothek von Paul und Lily Klee.

Dokumente und Archivalien

• Ein Fachbibliothek mit über 7'000 Titeln.
• Die mehrere tausend Kopien umfassende Korrespondenz der Familie Klee mit Freundinnen und Freunden, Künstlerkollegen, Kritikern, Kunsthändlern und Museen.
• Eine fotografische Dokumentation des Gesamtwerks und der Biografie von Paul Klee.
• Eine umfangreiche wissenschaftliche Werkdokumentation (auch als Datenbank abrufbar).
• Ein Pressearchiv, das die öffentliche Resonanz auf Paul Klee von seinen Lebzeiten bis in die Gegenwart dokumentiert.