1991
Alexander Klee und Livia Klee-Meyer, die Erben von Felix Klee, stellen die Kunstwerke und einen Teil der Dokumente aus dem Nachlass Felix Klee dem Kunstmuseum Bern als Leihgaben zur Verfügung.

Alexander Klee regt beim damaligen Direktor des Kunstmuseums Bern, Hans Christoph von Tavel, die Schaffung eines Paul Klee gewidmeten Museums in Bern an.

1992–1997
Vertreter von Stadt und Kanton Bern planen zusammen mit der Direktion des Kunstmuseums Bern und Alexander Klee die Errichtung eines Paul Klee-Museums, das in der Nähe des Kunstmuseums Bern errichtet werden soll.

1997
Livia Klee-Meyer schenkt der Stadt und dem Kanton Bern annähernd 650 Werke von Paul Klee und anderen Künstlerinnen und Künstlern aus dessen Umkreis mit der Auflage, dass bis Ende 2006 ein Paul Klee-Museum erstellt wird.

Vereinbarung zwischen Stadt, Kanton und Burgergemeinde Bern betreffend die gemeinsame Planung und Realisierung eines Paul Klee-Museums in Bern sowie dessen Betriebsunterhalt.

Projektorganisation Zentrum Paul Klee, geleitet durch die drei öffentlichen Hände Stadt, Kanton und Burgergemeinde Bern.

1998
Alexander Klee erklärt sich bereit, rund 850 Werke von Paul Klee sowie verschiedenen mit Klee befreundeten Künstlerinnen und Künstlern dem Paul Klee-Museum als (Dauer-)Leihgaben zur Verfügung zu stellen.

Schenkungsofferte von Prof. Maurice E. Müller und seiner Frau Martha Müller-Lüthi. Offeriert werden zwei Landparzellen am Ostrand der Stadt Bern (Schöngrün) sowie mindestens 30 Millionen Franken. Die Auflagen: Standort ist Schöngrün, Architekt ist Renzo Piano, es wird kein traditionelles Museum, sondern ein kulturelles Zentrum geplant und realisiert.

Annahme der Schenkungsofferte Müller und Gründung der privatrechtlichen Maurice E. and Martha Müller Foundation am 4. November für die Finanzierung von Projektevaluation, Planung und Bau des Zentrum Paul Klee.

Renzo Piano nimmt den Architekturauftrag am 18. Dezember an.

Alexander Klee und Livia Klee-Meyer vereinbaren die Übergabe von Dokumenten zu Leben und Werk Paul Klees an das Zentrum Paul Klee.

Die Burgergemeinde Bern sichert einen einmaligen Beitrag an die Baukosten (20 Millionen Franken) oder einen wiederkehrenden Beitrag (1 Million Franken) an die Betriebskosten zu.

Stadt und Kanton Bern übernehmen die Kosten für den Betrieb und die Erschliessung.

1999
Erstmalige öffentliche Präsentation des architektonischen Vorentwurfs im Berner Kornhaus im Dezember.

2000
Planung und Erschliessung werden im Januar wieder im Berner Kornhaus öffentlich präsentiert.

Mitwirkungsverfahren der Stadt zur Zonenplanänderung.

Im Sommer liegt das Vorprojekt vor und wird den politischen Entscheidungsträgern von Stadt und Kanton Bern vorgestellt.

15. September: Gründung der Trägerstiftung Zentrum Paul Klee. Präsident: Regierungsrat Dr. Hans Lauri.

Die Vorlage für den Grossen Rat umfasst die kantonalen Beiträge an die Aufbaukosten, die Planung und Erschliessung sowie den Terrainerwerb. Das kantonale Parlament genehmigt die Vorlage am 27. November mit 132 zu 7 Stimmen.

Die Vorlage für den Stadtrat enthält neben den der Grossratsvorlage entsprechenden Inhalten zusätzlich die Zonenplanänderung. Der Stadtrat stimmt der Vorlage am 30. November mit 66 zu 0 Stimmen zu.

13. Dezember: Die Burgergemeinde Bern spricht einen Verpflichtungskredit über 20 Millionen Franken.

2001
Februar: Ausstellung zum aktuellen Stand von Renzo Pianos Architekturprojekt (3. Ausstellung im Kornhaus und auf dem Kornhausplatz).

Am 4. März nimmt das Stadtberner Stimmvolk die Vorlage mit überwältigendem Mehr (78% Ja-Stimmen) an. Noch im selben Monat wird das Baugesuch eingereicht.

20. März: Der Stiftungsrat der Stiftung Zentrum Paul Klee ernennt den Gesamtprojektleiter Andreas Marti zum Gründungsdirektor.

März: Beginn des Aufbauprozesses.

Sommer/Herbst: Besetzung einer weiteren Stelle der Zentrumsleitung durch Frau Ursina Barandun (Kommunikation und Vermittlung).

Sommer/Herbst: Regierungsrat Werner Luginbühl wird neuer Präsident der Stiftung Zentrum Paul Klee.

15. Oktober: Erster Spatenstich (Beginn der Bauvorbereitungen).

Ende November: Besetzung einer weiteren Stelle der Zentrumsleitung durch Frau Dr. Christine Hopfengart (Sammlungsbetreuung, Ausstellungen, Forschung).

Gründung der Paul Klee-Stiftung der Burgergemeinde Bern, welche die Durchführung von Ausstellungen, den Erwerb von Kunstwerken und weitere Aktivitäten des Zentrum Paul Klee finanziell unterstützen wird.

31. Dezember: Frist für das rechtskräftige Vorliegen der notwendigen Bau- und Betriebskredite (Schenkungsauflage Livia Klee-Meyer).

2002
Abschluss von Hinterlegungsverträgen mit mehreren privaten Sammlerinnen und Sammlern.

10. Juni: Gründung der Stiftung Fondation du Musée des Enfants auprès du Centre Paul Klee für das Kindermuseum Creaviva des Zentrum Paul Klee durch die Familie Müller.

20. Juni: Feierliche Grundsteinlegung, Abschluss der grossen Erdarbeiten, Einleitung der eigentlichen Bauarbeiten.

15. August: Die Delegierten der Regionalen Kulturkonferenz Bern stimmen den neuen Kulturverträgen mit der Stadt Bern zu. Darin gehört das Zentrum Paul Klee gemäss Kulturförderungsgesetz neu zu den fünf bedeutenden Berner Kulturinstituten (Stadttheater, Symphonie Orchester, Kunstmuseum, Historisches Museum, Zentrum Paul Klee).

26. August: Der Berner Gemeinderat veröffentlicht zusammen mit der Maurice E. and Martha Müller Foundation die Broschüre Schritte für Klee. 18 Wege und Strassen im Umfeld des Zentrum Paul Klee werden nach Klee-Werktiteln benannt. Die Adresse des Zentrum Paul Klee lautet «Monument im Fruchtland 3» .

Winterhalbjahr: Die 84 Gemeinden der Regionalen Kulturkonferenz Bern stimmen über die neuen Subventionsverträge mit den fünf bedeutenden Berner Kulturinstituten ab.

2003
31. März: Kehrsatz sagt als 56. Gemeinde der Regionalen Kulturkonferenz Bern «Ja»  zu den Berner Kulturgeldern in der Gesamthöhe von jährlich 50.76 Millionen Franken (Anteil der 84 Regionsgemeinden: 11% bzw. 5.58 Millionen Franken). Damit ist die notwendige Zweidrittelmehrheit erreicht.

Die Fondation du Musée des Enfants auprès du Centre Paul Klee wählt per 1. Oktober Adrian Weber zum Leiter des Kindermuseum Creaviva des Zentrum Paul Klee.

1. Dezember: Besetzung einer weiteren Stelle der Zentrumsleitung durch Herrn Prof. Dr. Tilman Osterwold (Künstlerischer Leiter). Frau Dr. Christine Hopfengart, bisher in der Doppelfunktion als Konservatorin der Paul-Klee-Stiftung und als Leiterin der Abteilung Sammlung, Ausstellung, Forschung wird als vollamtliche Konservatorin der Paul-Klee-Stiftung in erster Linie den Abschluss des Werkkataloges und die Übersiedlung der Kunstsammlung und der Archive ins Zentrum Paul Klee leiten.

1. Dezember: Going public des Corporate Designs (CD), der Corporate Identity (CI) sowie des neuen Namens Zentrum Paul Klee (vorher: Paul Klee-Zentrum).

Am 1. Dezember findet das offizielle Aufrichtfest statt.

31. Dezember: Spätester Termin für den ersten Spatenstich (Schenkungsauflage Livia Klee-Meyer).

2004
1. Quartal: Besetzung zweier weiterer Stellen der Zentrumsleitung durch Kaspar Zehnder (Künstlerischer Leiter Musik) und Markus Klopfstein (Leiter Facility Management).

Nach der Fertigstellung des Rohbaus erfolgt der Innenausbau.

Umzug der Büros der Verwaltung in den Hügel Süd des Zentrum Paul Klee im November. Umzug der Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Paul-Klee-Stiftung in das Zentrum Paul Klee.

Aufgehen der Paul-Klee-Stiftung in der Stiftung Zentrum Paul Klee per 31. Dezember.

2005
Einrichtungsarbeiten und Vorbereitung der Eröffnung.

20. Juni bis 3. Juli: Eröffnungsfeierlichkeiten.

2006
31. Dezember: Spätester Termin für die Eröffnung (Schenkungsauflage Livia Klee-Meyer).