Zu den umfassenden Archivkomplexen kamen in den vergangenen Jahren weitere Teilarchive hinzu, die jeweils einen speziellen Aspekt von Paul Klees Leben, Werk oder auch Nachleben dokumentieren:

• Das Musikarchiv dokumentiert Klees intensives Verhältnis zur Musik. Gesammelt werden vor allem aber Werke moderner Komponisten nach 1945, die sich in ihren Werken auf Paul Klee beziehen: Nahezu 250 Partituren und etwa 170 Tonträger sind bereits erfasst. Das Musikarchiv unterstützt nun die Arbeit der Musikabteilung am Zentrum Paul Klee.
• Das Filmarchiv sammelt Autorenfilme, aber auch jede andere Art von Filmproduktionen über Klee. Leider sind keine originalen Filmdokumente von Klee überliefert; das Spektrum der posthumen Klee-Filme reicht jedoch vom Zeichentrickfilm bis zur Reisedokumentation.
• Vor kurzem begonnen wurde ein Archiv der Schülerinnen und Schüler Klees. Korrespondenz und Fotos seiner Privatschülerinnen sowie Aufzeichnungen und Mitschriften aus Klees Kursen am Bauhaus und an der Düsseldorfer Kunstakademie werden hier gesammelt. Das Schüler-Archiv bildet das Pendant zu Klees pädagogischem Nachlass und zeigt die Wirkung seines Unterrichts.
• Das Projekt „Klee und Bern“ steckt noch in den Anfängen. Bern war Klees Heimatstadt, hier wuchs er auf und hier verbrachte er die letzten Jahre seines Lebens. Gesammelt werden deshalb Bild-, Text- und Tondokumente, die die Beziehung Klees zu Bern, zur Stadt, zur umgebenden Landschaft und vor allem zu seinen Freunden, Bekannten und Nachbarn zum Thema haben.
• Ein Zukunftsprojekt ist das Archiv von Klees Wirkungsgeschichte. Hier soll Klees Nachleben und die Weiterverarbeitung seines Werkes erfasst werden. Dazu gehört zum einen der grosse Bereich der von Klee inspirierten Künstler, insbesondere in den 1950er und 1960er Jahren, andererseits gehört hierher jede Art der Adaption von Motiven seines Werkes in anderem Kontext, so beispielsweise in der Literatur, aber auch in der Werbung, der Gebrauchsgrafik oder im Produktdesign.