Der fragile Zustand der Bilder liegt in der spezifischen Arbeitsweise von Paul Klee begründet: Dieser war nicht nur inhaltlich und formal, sondern auch technisch experimentierfreudig, und verwendete äusserst lichtempfindliche Aquarell- und Kleisterfarben, Tinten und Papiere. Eine zu lange Lichtexposition hätte – trotz des auf 50 bis 100 Lux reduzierten Lichts in den Ausstellungsräumen, und trotz der heute verwendeten Spezialgläser, die einen grossen Teil des besonders schädlichen UV-Lichtes absorbieren – zur Folge, dass die Farben allmählich ausbleichen und die Papiere verbräunen und brüchig würden. Daher werden die ausgestellten Gemälde, und insbesondere die Arbeiten auf Papier, in einem regelmässigen, etwa halbjährlichen Turnus ausgewechselt. Der konservatorische Grundsatz der Sammlung des Zentrum Paul Klee schreibt vor, dass Werke, die während längerer Zeit in der Ausstellung gezeigt wurden, anschliessend im Depot unter geschützten Licht- und Klimaverhältnissen "ruhen" müssen.

Der regelmässige Austausch der ausgestellten Werke hat aber auch konzeptionelle und logistische Gründe. Nicht nur würden die 1'750 Quadratmeter Ausstellungsfläche, über die das Zentrum Paul Klee verfügt, nicht ausreichen, um den immensen, gut 4'000 Gemälde, Aquarelle und Zeichnungen umfassenden Werkbestand vollständig zu präsentieren. Zugleich gewährleistet das Rotationsprinzip in der Sammlungspräsentation eine stets frische, zuweilen auch ungewöhnliche Sicht auf Paul Klee: Durch wechselnde thematische Schwerpunkte und Bezüge können immer neue Aspekte von Klees Schaffen aufgezeigt und dem Publikum auch unbekanntere Werke und Werkgruppen zugänglich gemacht werden.