Die öffentlichen Hände Stadt und Kanton Bern sind gemeinsam mit der Regionalen Kulturkonferenz für den Betrieb des Zentrum Paul Klee zuständig. Da die Aufwendungen für den Betrieb von den Investitionskosten abhängen, sind Vertreter der öffentlichen Hände im Stiftungsrat der Maurice E. and Martha Müller Foundation (MMMF) vertreten.

Die Rolle der öffentlichen Hand bezüglich des Zentrum Paul Klee geht hervor aus der Vereinbarung, welche Kanton, Stadt und Burgergemeinde Bern am 3. Juli 1997 gemeinsam unterzeichnet haben.

In dieser Absichtserklärung ist der Wille der Parteien festgehalten, in geeigneter Aufgabenteilung ein Paul Klee gewidmetes Museum zu gründen, einzurichten und zu betreiben, und zwar unter folgenden Voraussetzungen (sinngemässe Zusammenfassung):

• Die Erben Livia Klee-Meyer und Alexander Klee stellen die in ihrem Eigentum stehenden Werke von Paul Klee sowie aus dessen Freundeskreis und seiner Epoche dem Paul Klee gewidmeten Museum zur Verfügung.
• Die Klee-Erben bringen das Klee-Archiv ein.
• Die Paul-Klee-Stiftung (PKS) und das Kunstmuseum Bern stellen ihren Bestand an Werken von Paul Klee sowie aus dessen Freundeskreis und seiner Epoche sowie den entsprechenden Bestand der übrigen von ihnen betreuten Stiftungen und Deposita zur Verfügung.