Wie bei den anderen grossen Kulturinstitutionen der Stadt Bern ist mit dem Zentrum Paul Klee ein mehrjähriger Leistungsvertrag abgeschlossen worden, der auch die Regionsgemeinden im Rahmen des kantonalen Kulturförderungsgesetzes an den Betriebskosten beteiligt.

Die restlichen Mittel erwirtschaftet sich das Zentrum Paul Klee selbst durch Betriebseinnahmen und private Mittel (Sponsoring).

Die Subventionen der Berner Kulturinstitutionen
Kein anderes Berner Kulturinstitut ist so tief subventioniert wie das Zentrum Paul Klee. Das zeigte die Fragestunde der Novembersession 2004. Grossrat Peter Eberhart, Erlenbach (SVP) hatte die Frage gestellt, mit wie viel Geld die einzelnen Eintritte in verschiedene Institutionen subventioniert werden. Die Rechnung lautet: Alle Beiträge von Sponsoren, Vereinsgelder, Beiträge von Stadt und Kanton, nach Abzug der Eintrittserlöse, dividiert durch die Anzahl bezahlter Eintritte. Die Berechnungen gemäss Vorschlag des Fragestellers haben folgendes Resultat (Basis: Rechnung 2003) erbracht.

Subvention pro Eintritt

Kunstmuseum Bern: (57'000 Besucher)	CHF 90.00
Kunsthalle Bern: (10'700 Besucher)	CHF 112.50
Schweizerisches Alpines Museum: (25'000 Besucher)	CHF 33.50
Stadttheater Bern: (240'000 Besucher)	CHF 174.00
Zentrum Paul Klee: (geschätzt 150'000 Besucher)	CHF 14.60