Ein besonderes Angebot im Rahmen der Vermittlungstätigkeit ist die Stiftung Sommerakademie im Zentrum Paul Klee. Ihr  grundlegender Gedanke ist es, jungen Künstlerinnen und Künstlern aus dem In- und Ausland eine institutionelle Plattform zu bieten. Im Vordergrund steht dabei, durch Weiterbildung, Förderung und Vermittlung sowohl die künstlerische Produktion als auch Reflexion zu fördern und innerhalb eines parallelen Programmangebots zugleich die Öffentlichkeit an diesen Prozessen teilhaben zu lassen.

Seit August 2006 lädt die Stiftung Sommerakademie im Zentrum Paul Klee jährlich Künstlerinnen und Künstler nach Bern ein, um in einem Kreis ausgewählter Persönlichkeiten des internationalen Kulturlebens ein zehntägiges, themengebundenes Symposium zu veranstalten. Neben der Vergabe von Projektgeldern veranstaltet die Stiftung Sommerakademie eine Ausstellung zum jeweiligen Jahresthema. Die Inhalte und Ziele dieses Themenschwerpunkts werden in einer begleitenden Publikation vorgestellt.

Mit der Sommerakademie will das Zentrum Paul Klee eine lebendige Plattform der Lehre und des Kulturaustausches schaffen, welche die Aktivitäten des Zentrums in den Bereichen bildende Kunst, Musik, und Kunstvermittlung ideal ergänzt. Die Berner Kantonalbank (BEKB | BCBE), Gründungspartnerin der Maurice E. and Martha Müller Foundation (MMMF), ist Trägerin der Sommerakademie und stellt das notwendige Kapital zur Verfügung, um während zehn Jahren den Betrieb sicherstellen und Projektgelder vergeben zu können.