Am 15. September 2000 haben Stadt und Kanton Bern sowie die Paul-Klee-Stiftung (PKS) die Stiftungsurkunde der neuen Trägerstiftung Zentrum Paul Klee (SZPK), damals noch Stiftung Paul Klee-Zentrum (SPKZ), unterzeichnet und haben damit die Betriebsträgerschaft des Zentrum Paul Klee geschaffen.

Mit der Gründung der Stiftung Zentrum Paul Klee und dem Vertrag mit der Paul-Klee-Stiftung hat die öffentliche Hand (Stadt und Kanton Bern) eine weitere wichtige rechtliche Voraussetzung für die Realisierung des Zentrum Paul Klee geschaffen.