1.  Projektphase
Beim Vorhaben, in der Stadt Bern ein Paul Klee gewidmetes Zentrum zu schaffen und zu betreiben, handelte es sich um ein gemeinsames Projekt der drei Parteien der öffentlichen Hand: Kanton (Federführung), Stadt und Burgergemeinde Bern.

Strategische Führung
Die drei Gemeinwesen hatten zu Beginn des Projekts im Jahr 1997 für die strategische Führung ein gemeinsames Organ eingesetzt, den Gesamtprojektausschuss Klee (GPAK). Dieser wurde im September 2000 durch die Trägerstiftung Zentrum Paul Klee (SZPK; damals noch Stiftung Paul Klee-Zentrum SPKZ) abgelöst.

Operative Führung
Die Gesamtprojektleitung Klee (GPLK) war in der ersten Phase des Projekts (1997–2001) das operative Organ der Projektorganisation. Mit ihrer Einsetzung im August 2001 übernahm die Direktion des Zentrum Paul Klee die Funktionen der ehemaligen Gesamtprojektleitung Klee.

2.  Heute
Die Leitung des Zentrum Paul Klee setzt sich heute aus folgenden Personen zusammen:

• Dr. Juri Steiner, Direktor.
• Ursina Barandun, Leiterin Kommunikation und Vermittlung.
• Dr. Michael Baumgartner, Leiter Sammlung, Ausstellungen, Forschung.
• Ursula Frauchiger, Künstlerische Leiterin Theater.
• Stefan Graupner, Leiter Kindermuseum Creaviva.
• Sonja Kellerhals, Leiterin Finanzen und Personal.
• Markus Klopfstein, Leiter Facility Management und Betrieb.
• Kaspar Zehnder, Künstlerischer Leiter Musik.

Geschäftstellen
Das Zentrum Paul Klee ist zugleich Geschäftsstelle der Maurice E. and Martha Müller Foundation (MMMF), der Stiftung Zentrum Paul Klee (SZPK), der Fondation du Musée des Enfants auprès du Centre Paul Klee (FME) und der Stiftung Sommerakademie.