Die intensive Auseinandersetzung mit der Aufgabenstellung und dem Gelände führten Renzo Piano zur Idee, aus dem Areal am Ostrand Berns eine grüne Insel, einen entrückten und geheimnisvollen Ort entstehen zu lassen. Aus dieser „Insel“ erhebt sich das Zentrum Paul Klee in Form von drei Terrainartikulationen, die ins Gelände eingreifen. So entsteht eine harmonische Landschaftsskulptur, die als Ganzes zum Zentrum wird.

Die drei Hügel gehören zur „gezähmten“ Natur, sind aber zugleich sehr funktionale und zeitgemässe Kunstbauten. Sie müssen die anspruchsvollen baulichen Voraussetzungen erfüllen, die ein vielfältiger Kulturbetrieb erfordert, und so sollen sie zwar bescheiden, aber dennoch ihrer Funktion entsprechend in Erscheinung treten.

Die drei Hügel teilen sich ins inhaltliche Programm und sind im Gebäudeinnern durch eine 150 Meter lange Museumsstrasse miteinander verbunden. Sie bildet die Nord-Süd-Achse des Zentrum Paul Klee und verläuft parallel zur Autobahn. Die Museumsstrasse ist das Rückgrat der Erschliessung, die Hauptschlagader der Kommunikation und damit auch die ästhetisch-funktionale Antwort auf die Autobahn.