Während die zurückliegende Phase vom Entstehen der Landschaftsskulptur und der äussern Gestaltfindung geprägt war, wird nun das Innere des Zentrum Paul Klee die Arbeit der Architekten und der Direktion bestimmen. Damit ist zum einen der Innenausbau gemeint, zum andern gilt es, die vorliegenden Konzepte für den künftigen Betrieb allen Bereichen zu verfeinern und umzusetzen.
 
Die architektonische Idee und ihre Realisierung wären jedoch nicht möglich gewesen ohne die parallele Planung und Konzeption der künftigen Inhalte. Die inhaltlichen Konzepte für die Bereiche bildende Kunst, Musik, Veranstaltungen, Kindermuseum und Vermittlung, in deren Zentrum die facettenreiche Persönlichkeit und das Gesamtwerk Paul Klees stehen, waren die Grundlage, auf der Renzo Piano seine ästhetisch-funktionale Idee entworfen hat.