Die 1947 gegründete und bis Ende 2004 im Kunstmuseum Bern domizilierte Paul-Klee-Stiftung ging – gemäss Vertrag mit Stadt und Kanton Bern – per 1. Januar 2005 in der Stiftung Zentrum Paul Klee auf.

Bis zu ihrem Aufgehen in der Stiftung Zentrum Paul Klee war die Paul-Klee-Stiftung während mehr als 50 Jahren das wissenschaftliche Kompetenzzentrum zu Paul Klee. In der Zusammenarbeit mit der Familie Klee und im Verbund mit dem Kunstmuseum Bern trug sie massgeblich dazu bei, dass aus dem «künstlerischen Sonderfall» Paul Klee einer der berühmtesten Künstler des 20. Jahrhunderts wurde.

Der Tod von Felix Klee, dem einzigen Sohn von Paul und Lily Klee,  im Jahre 1990 leitete eine Wende in der Geschichte der Paul-Klee-Stiftung ein. Auf Initiative der Familie Klee nahm die Idee eines eigenen «Klee-Museums» konkrete Gestalt an und erhielt mit den Schenkungsofferten von Livia Klee-Meyer 1997 und der Familie Müller 1998 eine neue Dimension. Der Stiftungsrat der Paul-Klee-Stiftung beschloss unter diesen Voraussetzungen, die Sammlungsbestände, das Archiv, die Bibliothek sowie die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Paul-Klee-Stiftung in die neue Institution Zentrum Paul Klee einzubringen. Am 1. September 2000 wurde der Vertrag über das Aufgehen der Paul-Klee-Stiftung in der Stiftung Zentrum Paul Klee per 1. Januar 2005 von den verantwortlichen Parteien unterzeichnet.

Mit über 2'500 Gemälden, Zeichnungen und farbigen Arbeiten auf Papier verfügte die Paul-Klee-Stiftung über die weltweit grösste Sammlung an Werken von Paul Klee. Zugleich etablierte sie sich als eine einzigartige Dokumentations- und Forschungsstätte.

Mit dem Aufgehen der Paul-Klee-Stiftung in der Stiftung Zentrum Paul Klee wurde die Betreiberin des Zentrum Paul Klee auch Besitzerin der Bestände der Paul-Klee-Stiftung.

Die Fachkompetenz der ehemaligen Paul-Klee-Stiftung ist die Grundlage für eine lebendige wissenschaftliche Auseinandersetzung mit dem Werk Paul Klees, insbesondere in Bezug auf die Veröffentlichung von Bild- und Textarchivalien und die Durchführung von wissenschaftlichen Forschungs- und Publikationsprogrammen.