Als Präsident der 1947 gegründeten Paul-Klee-Stiftung engagierte sich Dr. h. c. Felix Klee, der einzige Sohn von Paul und Lily Klee, in hohem Masse für das Werk seines Vaters. Ihm gebühren grosse Verdienste im Zusammenhang mit dem Aufbau der Paul-Klee-Stiftung.

1990 starb Felix Klee. Zwei Jahre später äusserte Alexander Klee, der Enkel Paul Klees, den zuständigen Personen des Kunstmuseums Bern sowie den Behörden von Stadt und Kanton Bern gegenüber die Bereitschaft der Familie Klee, der Trägerschaft eines Paul Klee-Museums einen grossen Teil des Nachlasses von Felix Klee zur Verfügung zu stellen.

1997 erklärte sich die Familie Klee grundsätzlich bereit dazu, auch jene Werke Paul Klees, die sich in ihrem privaten Eigentum befinden, einem breiten Publikum zugänglich zu machen. Den entscheidenden Schritt tat Livia Klee-Meyer, als sie im Sommer 1997 Stadt und Kanton Bern ihren Erbanteil schenkte.

Mit ihrem grosszügigen Schenkungsangebot von annähernd 690 Werken an Stadt und Kanton Bern hat Livia Klee-Meyer, die Schwiegertochter von Paul Klee, 1997 das Projekt in Gang gebracht und zugleich dessen ersten Meilenstein gesetzt. In einem Schenkungsvertrag von 1997 übergab sie ihren Anteil der Öffentlichkeit, mit der Auflage, dass bis spätestens Ende 2006 ein Paul Klee-Museum realisiert wird.

Mit der Annahme der Schenkung Livia Klee-Meyer verpflichteten sich die öffentlichen Hände, gemeinsam ein Paul Klee gewidmetes Museum zu planen, bis spätestens Ende 2006 zu realisieren und langfristig zu betreiben.

1998 sprach Alexander Klee vertraglich der künftigen Institution rund 850 Dauerleihgaben und die Schenkung von Dokumenten aus dem Besitz der Familie zu. Noch im selben Jahr bekundete die Paul-Klee-Stiftung ihren Willen, mitsamt ihren Beständen (rund 2'600 Werke und umfangreiche Archivalien) im Zentrum Paul Klee aufzugehen. Durch das Zusammenführen dieser Bestände und die Gewinnung weiterer rund 200 Hinterlegungen aus mehreren Privatsammlungen wurde die weltweit grösste Sammlung an Werken eines Künstlers von Weltrang geschaffen. Das Zentrum Paul Klee verfügt damit über 40 Prozent des bildnerischen Gesamtwerks von Paul Klee.

Wie im Falle von Marc Chagall, Henri Matisse, Pablo Picasso und anderen Künstlern, denen eigene Museen errichtet wurden, hat Bern damit die einmalige Chance erhalten, dem wohl bedeutendsten Künstler, der in dieser Stadt während über 30 Jahren gelebt und gewirkt hat, eine besondere Kulturstätte einzurichten.