La salle des expositions temporaires est un espace modulable de 830 mètres carrés situé au sous-sol de la colline centrale. Chaque année, plusieures expositions spéciales y sont organisées. Elles présentent bien entendu des expositions développées à partir de l’œuvre artistique de Paul Klee mais peuvent également aller bien au-delà de son œuvre et faire découvrir des artistes contemporains.

Les principaux thèmes retenus sont le contexte artistique et historico-culturel dans lequel vivait Paul Klee et l’histoire de son influence incontestable jusqu’au 21e siècle. Toutes les expositions temporaires ont un rapport direct ou indirect avec Paul Klee et sont en dialogue permanent avec la présentation de la collection.

Des expositions thématiques moins volumineuses sont également à voir au Forum (colline nord) du Zentrum Paul Klee, dans la Rue du musée ou au musée des enfants Kindermuseum Creaviva.