S’appuyant sur les archives en sa possession, la Paul-Klee-Stiftung (Fondation Paul Klee– PKS) a réalisé de nombreuses publications: l’index des œuvres composant la collection de la Paul-Klee-Stiftung (en plusieurs volumes), la publication de manuscrits, de catalogues d’exposition et d’ouvrages scientifiques.

Editions
Jusqu’à son intégration dans la Stiftung Zentrum Paul Klee (Fondation Zentrum Paul Klee – SZPK) fin 2004, la Paul-Klee-Stiftung a publié les ouvrages suivants:  

• Paul Klee. Die farbigen Werke im Kunstmuseum Bern. Gemälde, farbige Blätter, Hinterglasbilder und Plastiken, texte et conception de Jürgen Glaesemer, Berne 1976.
• Paul Klee. Handzeichnungen I. Kindheit bis 1920, texte et conception de Jürgen Glaesemer, Berne 1973.
• Paul Klee. Handzeichnungen II. 1921–1936, texte et conception de Jürgen Glaesemer, Berne 1974.
• Paul Klee. Handzeichnungen III. 1937–1940, texte et conception de Jürgen Glaesemer, Berne 1970.
• Paul Klee. Beiträge zur bildnerischen Formenlehre, édition fac simile des manuscrits originaux du premier cycle de conférences données par Paul Klee au Bauhaus de Weimar 1921/22, Bâle/Stuttgart 1979.
• Paul Klee. Tagebücher 1898–1918, nouvelle édition commentée, réalisation de Wolfgang Kersten, Stuttgart/Teufen 1987.
• Paul Klee. Leben und Werk, édition réalisée en collaboration avec le Museum of Modern Art New York, New York/Stuttgart 1979 (réédition 1996).
• Paul Klee. Verzeichnis der Werke des Jahres 1940, réalisation de Stefan Frey et Josef Helfenstein, Stuttgart 1991.

Cahiers

• Christian Geelhaar, Paul Klee. Progressionen. Zeichnungen zum Bauhaus-Unterricht, édition réalisée par la Paul-Klee-Stiftung, Berne (édition parue dans le cadre de l’exposition organisée du 1.12.1974 au 12.1.1975 au Musée des Beaux-Arts de Berne), Berne 1975.
• Paul Klee. Das graphische und plastische Werk, édition réalisée par la Paul-Klee-Stiftung, Berne 1975.
• Max Huggler, Die Kunsttheorie von Paul Klee, édition réalisée par la Paul-Klee-Stiftung, Berne 1977.
• Marcel Baumgartner, Paul Klee und die Photographie, édition réalisée par la Paul-Klee-Stiftung, Berne 1978.

Série « Schriften und Forschungen zu Paul Klee »
Dans le cadre de la série « Schriften und Forschungen zu Paul Klee » est paru l’ouvrage suivant:

• Paul Klee – Kunst und Karriere. Beiträge des internationalen Symposiums in Bern, réalisé par Oskar Bätschmann et Josef Helfenstein, avec la collaboration de Isabella Jungo et Christian Rümelin, édition réalisée par la Paul-Klee-Stiftung, Berne (Schriften und Forschungen zu Paul Klee, Bd. 1), Berne 2000.

Au cours de longues années de travail de recherche intensif, la Paul-Klee-Stiftung a répertorié scientifiquement toute l’œuvre de Paul Klee. Ce travail a abouti à la publication d’un répertoire complet des œuvres de Paul Klee, le Catalogue raisonné Paul Klee en 9 volumes.