Phase d’étude
Le projet de créer et d’exploiter un centre consacré à Paul Klee dans la ville de Berne relève conjointement des trois collectivités publiques: le canton (porte-parole), la ville et la commune bourgeoise de Berne.

Direction stratégique
Au début du projet en 1997, ces trois entités avaient créé un organe commun pour en assurer la direction stratégique: le Gesamtprojektausschuss Klee (Comité directeur du projet – GPAK). En septembre 2000, celui-ci a été remplacé par la Stiftung Zentrum Paul Klee (Fondation Zentrum Paul Klee – SZPK), à l’époque dénommée Stiftung Paul Klee-Zentrum (SPKZ), désormais organe responsable.

Direction opérationnelle
Durant les premières étapes du projet (1997–2001), la Gesamtprojektleitung Klee (Direction générale du projet – GPLK) était l’organe responsable de l’organisation du projet. Depuis sa nomination en août 2001, la direction du Zentrum Paul Klee assume désormais les fonctions de l’ancienne Gesamtprojektleitung Klee.

Secrétariats
Le Zentrum Paul Klee rassemble les secrétariats de la  Maurice E. and Martha Müller Foundation (MMMF), de la Stiftung Zentrum Paul Klee (SZPK), de la Fondation du Musée des Enfants auprès du Centre Paul Klee (FME) et de la Stiftung Sommerakademie im Zentrum Paul Klee (Fondation Académie d’été).