L’étude intensive de la mission et du terrain donna à Renzo Piano l’idée de créer sur le terrain situé à la périphérie est de Berne une île verte, un lieu éloigné et mystérieux. Sur cette « île » se dresse le Zentrum Paul Klee sous la forme de trois articulations qui s’engrènent dans le terrain. Cela fait naître une sculpture paysagère harmonieuse qui, dans sa globalité, constituera le Zentrum.

Les trois collines font partie de la nature « apprivoisée », mais sont en même temps des ouvrages d’art fonctionnels et contemporains. Elles doivent répondre aux consignes constructives strictes d’un établissement culturel aux multiples fonctions, de sorte qu’elles doivent être simples, mais aussi se mettre en valeur pour illustrer leur mission.

Les trois collines se partagent le programme contextuel et sont reliées entre elles à l’intérieur du bâtiment par une Rue du Musée de 150 mètres de long. Celle-ci constitue l’axe nord-sud du Zentrum Paul Klee et est parallèle à l’autoroute. La Rue du Musée est l’épine dorsale de la desserte, l’artère principale de la communication et, en même temps, la réplique à la fois esthétique et fonctionnelle à l’autoroute.